IDENTIFIKASI FRAGMEN DNA MITOKONDRIA PADA SATU GARIS KETURUNAN IBU DARI SEL EPITEL RONGGA MULUT DAN SEL FOLIKEL AKAR RAMBUT

Rina Budi Satiyarti, Nurmilah Nurmilah, Tina Dewi Rosahdi

Abstract


Abstrak: DNA mitokondria (mtDNA) manusia memiliki sejumlah sifat genetik khas yang membedakannya dari genom inti yang dimanfaatkan dalam identifikasi penurunan hubungan kekerabatan, studi evolusi dan migrasi global manusia modern, bidang forensik dan identifikasi penyakit genetik. DNA mitokondria (mtDNA) manusia memiliki laju mutasi yang lebih cepat dibandingkan dengan DNA inti sehingga dapat dimanfaatkan untuk pemeriksaan sampel yang terbatas seperti untuk kepentingan visum. Penelitian ini bertujuan untuk megidentifikasi fragmen DNA mitokondria dari lisis sel epitel rongga mulut menggunakan primer M1dan HV2R, dan sel folikel akar rambut mengunakan primer M1 dan M2 dengan teknik PCR dan elektroforesis agarosa.Sampel sel epitel mulut dan akar rambut yang diambil dari satu garis keturunan dilisis terlebih dahulu dan dilakukan ekstraksi sel secara kimiawi dan enzimatik sehingga DNA total dapat keluar dari inti sel dan mitokondria. Setelah itu dilakukan amplifikasi fragmen D-loop mtDNA secara in vitro dengan dua jenis primer yang berbeda menggunakan teknik PCR dan proses terakhir yaitu dilakukan analisis hasil PCR menggunakan teknik elektroforesis gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa amplifikasi fragmen DNA mitokondria menggunakan primer M1 dan HV2R dari sel epitel rongga mulut menghasilkan fragmen berukuran 1 kb. Pada hasil amplifikasi fragmen DNA mitokondria dari sel folikel akar rambut menggunakan primer M1 dan M2, fragmen yang didapatkan berukuran 0,4-0,5 kb. Dengan demikian, fragmen DNA mitokondria dapat diamplifikasi menggunakan dua primer balik M2 dan HV2R yang dirancang pada ujung daerah D-LOOP mitokondria.

Keywords


Kata Kunci: mtDNA, PCR, epitel, folikel, fragmen, primer.

References


Cambell, dkk., 2002. Biologi (Edisi Kelima). Jakarta: Erlangga.

Wallace, D.C., 1997: Miochondrial DNA in Again Disease. Scientific American. 22-29

Moore, J.M., Insenberg, A.R., 1999, Mitochondrial DNA Analysis at the FBI Laboratory, Forensic Science Communicatioj, vol. I, Number 2.

Marks, D.B., Marks, A.D, Smith,C.M. 1996. Basic Medical Biochemistry. Williams & Wilkins. Baltimore.

Poedjiadi, Anna dan Supriyanti F.M.T. 2006. Dasar-dasar Biokimia. Jakarta: Universitas Indonesia Press).

Marguillis, L., 1981. Symbiosis In Cell Evolution.New New ork:W.H. Freman .

Lehninger, Albert L. 1982. Dasar-dasar Biokimia. Jakarta: Erlangga.

Andrey.2004.Biopsikologi.[Online].Tersedia:https://Andreyagheanayaa.blogspot.co.id/2004/10/biopsokologi.html.[05 Maret 2016]

Perpustakaan.2012.StrukturSelEukariot.[Online]Tersedia:https://Perpustakaancyber.blogspot.co.id/2012/11/struktur-sel-eukariot-fungsi.html. [05 Maret 2016]

Lynn, Stephen, et al. 2002. Defining the Importance of mitochondrial Gene Defects in Maternally Inherited diabetes by sequencing the Entire Mitochondrial Genome. Diabetes 5, 2317-2320.

Anderson, S., et al, 1981, Sequence and Organization of the human mitochondrial genome, Nature, 290,457-465.

Fabio,fuady.2008.[Online]GenomMitokondria.Tersedia:https://fuadyfabiounsode.wordpres.com/2008/09/genom-mitokondria-manusia.html. [22 Desember 2015]

Brown, W.M., E.M. Prager, A Wang, and A.c. Wilson. 1982. Mitochondrial DNA Sequences of Primates: Tempo and Mode of Evolution.J. mol. Vol (18:225-239).

Gaffar, Shabrani, M.Si. 2007. Buku Ajar Bioteknologi Molekul. Bandung: FMIPA Universitas Padjajaran.

Biotechimylife.2011.[Online]Tersedia:https://biotechismylife.blogspot.co.id/2011/09/struktur.DNA.html. [05 Maret 2016].

Muladno, 2010. Teknologi Rekayasa Genetik Edisi Keda. Bogor : IPB Press.

Watson, James D., John tooze, & David T. Kurtz, 1988. DNA Rekombinan, alih bahasa: Wisnu Gunarno. Jakarta : Penerbit Erlangga.

Granner, D.K. Biokimia Harper edisi ke-24 :alih bahasa, Andry Hartono; editor. Alexander H. Santoso. Jakarta: EGC Penerbit Buku Kedokteran.

Saiyed. Z.M., C.N. Ramchand. 2007 Extrzction of Genomic DNA Using Magnetic Nanoparticle (Fe3O4) as Solid-Phase Support. American Journal of Infectious Disease 3 (4): 225-229, 2007.

Promega. 2007. Technical Manual Maxwell 16 DNA Purification Kits. Tersedia: http://www.roche-applied-science.com.

Chen et al, 2004. Maternally Inherited Diabetes and Deafness (MIDD) Syndrome:a Clinical and Molecular Genetikc Study of a Taiwanse Family. Chang Gung Med Journal 27,(1), 66-72.

Wallace, D.C., 1992: Diseases of the mitochondrial DNA, Annu Rev Biochem, 61, 1175-1212.

Faatih, M. 2009: Isolasi dan Digesti DNA Kromosomal. Jurnal Penelitian Sains dan Teknologi, 10(1): 61-67.

Sundaland.2012.[Online].Tersedia:https://Sundaland.gunungtoba.blogspot.co.id/2015/05/mengupas pewarisan tes DNA.html. [22 Desember 2015].

Sutikno. 2009. Elektroforesis.http://sutikno.blog.uns.ac.id/2009/06/19/elektroforesis/. [13 Januari 2014].

Gumilar, G., Supriyanti, F. M. T., Siti, H. H. 2008. Bioteknologi. Bandung: Jurusan Pendidikan Kimia FPMIPA UPI.

A. Saifuddin Noer dan Marisa Gustiananda., 1997. PCR Tanpa Isolasi DNA dari Sel Epitel Rongga Mulut. Bandung: Jurusan Kimia FMIPA ITB. Vol 2 No. 1, hal, 35-48.

Purnomo, Sudjiono, T. Joko, dan S. Hadisusanto. 2009. Biologi Kelas XI untuk SMA dan MA. Jakarta : Pusat Perbukuan, Departemen Pendidikan Nasional.

Purnamasari, Yunita., 2013. Varian Genetika Daerah Hipervariabel I (HVI) DNA Mitokondria pada 4 Generasi DEngan Riwayat Diabetes Melitus Tipe 2. Bandung: Universitas Pendidikan Indonesia.

Qiagen. 2006. Genomic DNA Purification. [Online]. Tersedia. http://www.qiagen.com/literature /brochurs/index. [24 September 2015].

Aris. T. W,. 2000. Inverse Polumerase Chain Reaction. Jurnal Hayati. Vol 7 (4): 121-123.

Innis. M.A., Gelfand D H, Srinsky. J.J, White. T. J. 1990. PCR Protocols A Guide to Methods and Applications. Academic Press Inc.

Madej, R. 1991. Polymerase Chain Reaction :Application to The Clinical Laboratory. Laboratory Roche Diagnostic Research, p. 23-32, 45-49.

Sambrook, J. Russel DW. 2001. Molecular Cloning: A Laboratoty Manual 3rd edition. New York (USA): Cold Spring Harbor.




DOI: http://dx.doi.org/10.24042/biosf.v8i1.1260

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.